宏基因组理论教程7挖掘微生物组生物标记

EndNote下载 | 2018-08-31 02:28

之前分享的加拿大生信网出品的,有1万多位朋友阅读,有近2000多小伙伴下载了课程PPT。

但不知有多少小伙伴真正仔细学习过。收藏是没有用的,只有真正多学几遍才有收获。

对于英文原版教程,很多新人有看不懂,学不会的问题。宏基因组团队针对这套教程进了翻译,同时结合最近的研究进展对内容进行了更新,方便广大同行入门者学习。

教程大纲

生物标记挖掘

同时我们还分享整套最新中文教程的PPT,方便大家学习、记录笔记和提取有用的素材。

What bio? what mark?换数据集,群体来验证

扩增子、基因组、转录组

结构域分析需要较完整 和准确 的基因序列。宏基因组中即不完整 ,也不准确

如连续型的分组,机器学习中叫回归;离散型叫分类。分类已知整理判断是否组间差异明显PCA, PCoA;末知要从PCA/PCoA/CPCoA中判断是否存在分类。聚类分类后进一步组间比较。

优点:更容易,速度更快;可以设计简单的实验,生物标记也更稳定且相关;生物标记容易验证,因为它依赖二区分组的能力;缺点:分类可能不能明确定义,很难发现与预定义分类一致的生物标记。

容易轻松实现的方法,是一个好的开始

Cd-hit选择最长的序列作为代表序列

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